El Rayo Vallecano ya tiene sustituto para el banquillo en lugar de Iñigo Pérez, que se marchó al Villarreal. El club vallecano acaba de hacer oficial el acuerdo con Beñat San José, que acababa de renovar con el Eibar. De hecho el club vallecano ha tenido que abonar unos 400.000 como cláusula. Beñat comenzó su trayectoria en los banquillos en las categorías inferiores de la Real Sociedad. Tras cuatro temporadas, dio el salto a Arabia para dirigir al equipo sub-21 del Al-Ittihad y después al primer equipo, con el que logró la Copa de Campeones del Rey de Arabia Saudí en 2013.
Posteriormente continuó en el Al-Ettifaq en la temporada 2014-15. Ya en la 2015-16, entrenó al Deportes Antofagasta de Chile, donde logró alcanzar la mejor clasificación histórica del club. A la temporada siguiente su destino fue el Club Bolívar, de Bolivia. En 2017, se proclamó bicampeón consiguiendo el Torneo Apertura y el Clausura. En su regreso a Chile entrenó a la Universidad Católica, logrando la Primera División chilena en el 2018. Posteriormente dirigió al Al-Nasr en los Emiratos Árabes Unidos, y en 2019 regresó a Europa para entrenar al KAS Eupen.
En la campaña 2020-21, alcanzó las semifinales de la Copa de Bélgica y logró, una vez más, la mejor clasificación histórica del club.Su siguiente etapa sería en el Mazatlán mexicano, regresando al Bolívar en 2022 donde en 2023 logró proclamarse campeón de la Liga boliviana y llevó al club a los cuartos de final de la Copa Libertadores. Posteriormente volvió a México para dirigir al Atlas FC. Finalmente desde su llegada a la SD Eibar, en febrero de 2025, Beñat San José ha dirigido al conjunto armero en 60 partidos.
